78 médicaments sur 186 laissent une trace dans le microbiote des années après

Décryptage

Vous avez arrêté ce traitement il y a trois ans et vous n’y pensez plus. 78 des 186 médicaments testés, soit 41,9 %, laissent une trace détectable dans le microbiote plus d’un an après la dernière prise (université de Tartu, mSystems, 22 octobre 2025) ; en France, la consommation d’antibiotiques de ville dépassait 860 prescriptions pour 1 000 habitants en 2024.

L’équipe de l’Institut de génomique de l’université de Tartu a croisé les prélèvements de selles de 2 509 Estoniens avec leurs dossiers de prescription. Le travail a été relayé hors d’Estonie le 24 août 2026, et la liste des classes concernées ne se limite pas aux antibiotiques.

Ce que « trace » veut dire exactement

La trace n’est pas la molécule restée dans votre corps : c’est la composition bactérienne de l’intestin qui reste déplacée. Les chercheurs ont séquencé l’ADN total des échantillons, puis mesuré la richesse et la diversité des espèces ainsi que les écarts de composition entre individus. Rien dans le protocole ne cherche le médicament lui-même.

Le modèle est humain et observationnel, pas une boîte de Petri ni une souris. Les 2 509 participants, d’un âge moyen de 50,1 ans, viennent de la cohorte microbiome de la biobanque estonienne, et leurs dossiers de santé électroniques remontent jusqu’à cinq ans avant le prélèvement. Pour isoler un effet rémanent, l’équipe compare les anciens usagers d’une molécule (dernière prise plus d’un an avant) à des personnes qui ne l’ont pas prise dans les cinq années précédentes.

Le second prélèvement des 328 volontaires est la pièce maîtresse. Il montre des évolutions comparables du microbiote après le début ou l’arrêt d’un traitement, ce que l’étude de Tartu présente comme l’indication possible d’un effet causal, sans aller plus loin.

Le passé pèse plus lourd que l’ordonnance du moment

C’est le résultat qui a fait circuler l’étude : les traitements arrêtés expliquent une part plus grande des différences de microbiote entre deux personnes que les traitements en cours. La comparaison tient en deux nombres, 0,74 % contre 0,47 % de variabilité expliquée.

Ces deux valeurs sont minuscules, et il faut le dire aussi clairement que le résultat lui-même : plus de 98 % des différences entre deux intestins tiennent à autre chose, alimentation, âge, génétique, maladies. L’ordre des deux barres compte davantage que leur hauteur. Une variable que la quasi-totalité des études microbiote ignore pèse plus que celle qu’elles renseignent toutes.

La liste déborde largement des antibiotiques

Cinq familles ressortent avec des signatures visibles des années après la dernière prise : antibiotiques, psycholeptiques, antidépresseurs, inhibiteurs de la pompe à protons et bêtabloquants. Les glucocorticoïdes et les biguanides s’y ajoutent, avec un effet décrit comme additif : plus la molécule a été prise longtemps, plus l’empreinte est marquée.

Rapportées à la France, ces familles ne sont pas des cas rares. Santé publique France comptait plus de 860 prescriptions d’antibiotiques pour 1 000 habitants en ville en 2024, en hausse de 4,8 % sur un an. Selon nos calculs, la fenêtre de cinq ans que l’étude estonienne remonte représente donc, à ce rythme, environ 4,3 prescriptions d’antibiotiques par habitant (0,86 par habitant et par an, multiplié par cinq, taux 2024 supposé constant).

Le cas des anti-acides est du même ordre de grandeur. L’ANSM avait recensé près de 16 millions de personnes remboursées d’au moins une prescription d’inhibiteur de la pompe à protons en 2015, soit environ un quart de la population française.

Ce que l’étude ne dit pas, et qu’il faut lire deux fois

Aucun effet sur la santé n’est établi par ce travail. Une composition bactérienne modifiée n’est pas un diagnostic, et les auteurs ne relient aucune de ces signatures à une maladie, un symptôme ou un risque chiffré. Le commentaire publié dans la même revue le pose noir sur blanc : il reste difficile de démêler l’effet du médicament de celui de la maladie pour laquelle il a été prescrit.

Interrogé par The Scientist, le premier auteur Oliver Aasmets tranche lui-même la question que tout lecteur se pose : « Les gens doivent absolument continuer à prendre leurs médicaments comme leur médecin les a prescrits. » Aucun ajustement de traitement ne se déduit de cette étude, et la seule réponse honnête à un doute sur une ordonnance reste le médecin qui l’a rédigée.

Les limites que les auteurs listent eux-mêmes pèsent dans la lecture. Ils supposent qu’une ordonnance achetée a été prise, la cohorte compte 70,3 % de femmes et rassemble des volontaires plus attentifs que la moyenne à leur santé, et les mesures portent sur des abondances relatives, qui ne reflètent pas toujours idéalement les changements biologiques réels.

Ce que ça change quand vous faites analyser votre intestin

L’utilité immédiate est une règle de lecture : un résultat de microbiote décrit un état qui porte encore vos ordonnances des années précédentes. Les kits vendus en ligne, dont AAP a déjà examiné les promesses de test, ne collectent généralement pas cet historique et ne peuvent donc pas l’intégrer à leur interprétation.

Pour la recherche, la conséquence est plus lourde encore, et c’est le titre même que les auteurs ont choisi : les médicaments pris des années avant le prélèvement sont un facteur de confusion caché. Une association entre une bactérie et une maladie peut refléter le traitement suivi trois ans plus tôt plutôt que la maladie elle-même, si l’historique n’est pas contrôlé.

Le geste concret tient en une ligne : avant un test de microbiote ou une consultation sur des troubles digestifs, reconstituez la liste de vos traitements des cinq dernières années et apportez-la. C’est la donnée qui manque le plus souvent à celui qui va lire vos résultats.

Article créé en collaboration avec l’IA.