82 000 générations plus tard, ces bactéries sont repiquées à la main presque chaque jour depuis 1988

Récit

Vous avez un rituel du matin. Celui du Long-Term Evolution Experiment, à Michigan State University, se répète depuis 1988 : prélever 1 % de la culture de la veille et le verser dans un flacon de milieu neuf. Douze flacons, chaque jour, week-ends et jours fériés compris, hors quelques mois de pause pendant la pandémie de Covid-19.

Les douze populations d’Escherichia coli du Long-Term Evolution Experiment ont repris leur décompte à 82 000 générations le 10 septembre 2025, à Michigan State University, après trente-sept ans de repiquage quotidien. Jeffrey Barrick, qui dirige l’expérience depuis 2022, l’a annoncé dans le carnet du laboratoire.

Un centième de la veille, six générations et deux tiers par jour

Chaque jour, 1 % de la culture de la veille passe dans un volume équivalent de milieu frais. Le protocole officiel décrit une solution sucrée très diluée, où le glucose est le nutriment limitant. La croissance d’un facteur cent qui suit vaut environ six générations et deux tiers. Soit près de 2 400 générations par an.

Ara-3 accuse 2 500 générations de retard sur les dix autres lignées, et Ara+6 en compte 500. En cause, des incidents de contamination, précise le laboratoire dans son billet des 80 000 générations, publié à la congélation du 7 août 2024. Dans les dix autres flacons, la performance dans ce milieu continue de progresser, et le laboratoire écrit qu’elle pourrait le faire indéfiniment, à un rythme de plus en plus lent. La courbe monte toujours, plus lentement.

164 dates d’archive, douze fioles à chaque fois

Toutes les 500 générations, soit 75 jours, un cryoprotecteur est ajouté aux cultures de la veille avant un passage à -80 °C. Le laboratoire décrit ces échantillons comme un registre fossile gelé mais vivant, que l’on peut ranimer et analyser très loin dans le futur. Un congélateur qui tient lieu de couche géologique.

82 000 générations divisées par 500 donnent environ 164 dates d’archive, et chaque date vaut douze fioles, une par population : près de 2 000 flacons attendent à -80 °C, aux retards d’Ara-3 et d’Ara+6 près. L’équipe parle d’un voyage dans le temps au sens scientifique du terme, puisqu’on compare directement les bactéries actuelles à leurs ancêtres. Les génomes séquencés et les jeux de données sont publics.

31 500 générations avant le citrate

Le 4 juin 2008, Zachary Blount, Christina Borland et Richard Lenski publient dans PNAS le cas d’une population qui s’est mise à consommer le citrate du milieu de culture. Or E. coli n’exploite pas ce composé en présence d’oxygène. Aucune des douze n’y était parvenue en plus de 30 000 générations. Le variant Cit+ émerge dans une seule, vers la 31 500e, et fait grimper la taille de la population.

L’archive a servi de juge dans cette étude de contingence historique. Les auteurs ont ranimé des ancêtres congelés et relancé l’évolution depuis plusieurs époques du même lignage. La capacité ne réapparaît que dans les rejeux partis de générations tardives : une mutation antérieure avait ouvert la porte.

Un aller-retour au Texas, puis le flacon repart

À 75 000 générations, les échantillons quittent East Lansing pour l’université du Texas à Austin, congelés dans leur cryoprotecteur et expédiés sur carboglace, puis y sont ranimés le 21 juin 2022, raconte le département de biosciences moléculaires. Barrick y poursuit les repiquages et congèle les 80 000 générations le 7 août 2024.

Michigan State recrute Barrick en 2025. Le décompte redémarre le 10 septembre et Devin Lake congèle les échantillons de la 82 500e génération à la fin novembre. Richard Lenski, fondateur de l’expérience, figure toujours parmi les chercheurs du projet, avec le Grenoblois Dominique Schneider, associé au LTEE depuis 1998.

Six dates résument trente-huit ans de repiquage.

En juin 2026, Jeffrey Barrick racontait encore le quotidien de l’expérience au micro du podcast Matters Microbial. À ce rythme, les douze populations atteindront 100 000 générations autour de 2033. Environ 2 700 flacons neufs par population d’ici là.

Article créé en collaboration avec l’IA.