60 ans dans les caféiers : la grenouille que le Costa Rica prenait pour une autre

Début août, les agences de presse du monde entier ont annoncé la découverte d’une nouvelle grenouille dans les plantations de café du Costa Rica. L’histoire est vraie, et elle mérite l’émerveillement… sauf qu’un détail change tout : cette « nouvelle » espèce, des naturalistes l’observaient déjà dans les années 1960, rapporte la dépêche AFP. Pendant une soixantaine d’années, l’animal a simplement porté le mauvais nom.

Elle s’appelle désormais Isthmohyla nacientes, la « rana de las nacientes », la grenouille des sources. Moins de 4 centimètres, un corps vert sombre moucheté, des mœurs nocturnes, et une adresse : les environs de San Lorenzo de Tarrazú, une zone caféière du Pacifique central costaricien. Les mâles portent une gorge translucide qui se gonfle à chaque appel, une note brève et aiguë. « La nuit, quand elles sont le plus actives, on peut les entendre chanter, perchées sur les arbustes de café », décrit Wagner Chaves-Acuña, chercheur rattaché à l’Université du Costa Rica et au conseil argentin de la recherche scientifique, cité par l’AFP.

Pourquoi était-elle passée inaperçue ? Justement parce que tout le monde la voyait. Observée dès les années 1960, elle était rangée sous le nom d’une espèce proche, à laquelle elle ressemble trait pour trait. Une redécouverte en 2021, suivie d’analyses génétiques et morphologiques, a établi qu’il s’agissait d’une lignée distincte ; la description formelle, signée par neuf chercheurs dans la revue Ichthyology & Herpetology (volume 114, pages 337 à 356), n’a été publiée que le 3 juillet 2026. C’est elle que la presse mondiale relaie aujourd’hui. Le chant a d’ailleurs servi de pièce au dossier : des notes de 10 à 50 millisecondes, autour de 4 000 à 4 900 hertz, un signal que l’oreille humaine confond facilement mais que les sonagrammes séparent sans appel.

Trois espèces « cachées » dans des paysages de travail

Nous avons rapproché ce cas de deux autres descriptions récentes, et un motif se dessine : entre février 2019 et juillet 2026, au moins trois amphibiens présentés comme nouveaux pour la science vivaient en réalité dans des paysages agricoles ou fortement anthropisés. En Inde, Mysticellus franki, un genre entièrement nouveau publié dans Scientific Reports, a été décrit à partir d’une flaque en bord de route du Kerala, entre cultures, trafic et habitations ; l’espèce ne se montre que quelques jours par an, le temps de se reproduire. Aux îles Nicobar, Microhyla nakkavaram, décrite en 2022 dans Zoological Studies, abondait dans les flaques d’eau de pluie : on la prenait pour Microhyla heymonsi, une espèce répandue. À chaque fois, le même mécanisme joue : une sosie connue, un habitat jugé banal, et des décennies d’invisibilité scientifique.

La leçon vaut d’être énoncée : les zones cultivées ne sont pas des déserts biologiques, ce sont des angles morts de l’inventaire. Et votre tasse est directement concernée. Plus de 60 % des espèces sauvages de café sont menacées d’extinction, pendant que des planteurs ougandais testent un café qui résiste à la sécheresse. La biodiversité des plantations n’est pas un décor : c’est une réserve de solutions et, on vient de le vérifier, d’espèces.

Le paradoxe des caféiers, et ce qu’il dit de nos campagnes

Le paradoxe de cette histoire tient en une phrase : la plantation qui a hébergé la grenouille pourrait aussi la perdre. Les scientifiques cités par CBS News listent les pesticides, les déchets, la pression touristique et le recul de la végétation. « Ces poisons voyagent dans l’air. Ils s’infiltrent dans le sol, et c’est là qu’ils atteignent les systèmes aquatiques où se développent les têtards », avertit le même chercheur. L’espèce doit son nom aux nacientes, les résurgences où grandissent ses larves : ce qui ruisselle des parcelles traitées finit dans sa nurserie.

Rien de tout cela n’est réservé aux tropiques. La France a ses propres paysages de travail sous-inventoriés : haies, mares agricoles, fossés, bords de champs. C’est précisément ce que documente l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN), alimenté année après année par les observations naturalistes, y compris en plaine cultivée. Si vous cherchez la prochaine espèce mal nommée, elle n’attend pas forcément dans une forêt primaire ; elle peut occuper un fossé de plaine céréalière. Reste une limite, à dire honnêtement : l’aire connue d’Isthmohyla nacientes se résume à quelques stations de moyenne montagne, entre 1 400 et 2 000 mètres d’altitude, et les sources consultées ne mentionnent pas encore d’évaluation de son statut de conservation. Une soixantaine d’années pour obtenir un nom ; la suite, protection comprise, commence maintenant.

Article créé en collaboration avec l’IA.