Un vaccin contre les coronavirus, dont l’IA a dessiné le coeur, passe son premier test sur l’humain

En France, les souvenirs du Covid restent frais : les confinements, la course aux vaccins, puis la valse des rappels au gre des variants. Ce scenario, des chercheurs de l’universite de Cambridge viennent de proposer une parade inedite pour eviter de le revivre : un vaccin dont le coeur a ete concu non par des biologistes au banc d’essai, mais par une intelligence artificielle naviguant dans des bases de donnees genomiques mondiales. Premier test sur l’humain : 39 volontaires sains, aucun effet secondaire notable, et une reponse immunitaire qui depasse le SARS-CoV-2 pour viser toute une famille de virus.

L’etude, publiee dans le Journal of Infection, marque deux premieres simultanees. C’est la premiere fois qu’un vaccin dont l’ingredient actif a ete entierement dessine par simulation informatique est teste chez des humains. Et c’est la premiere fois qu’un vaccin de phase I cible le groupe Sarbeco dans son ensemble : le SARS-CoV-2 bien sur, mais aussi le SARS de 2003 et les coronavirus de chauves-souris qui n’ont pas encore franchi la barriere animale-humain.

Ce que l’IA a fait que les biologistes ne pouvaient pas faire seuls

Voici comment ca fonctionne concrectement. Actuellement, quand un nouveau variant du Covid apparait, les laboratoires analysent sa structure, reformulent le vaccin, et commencent la fabrication. Le probleme : le virus a souvent mute encore une fois avant que les doses arrivent dans les pharmacies. Un cycle que le professeur Jonathan Heeney, qui dirige la recherche a Cambridge, compare a « un chien qui court apres sa queue ».

L’approche de son equipe est differente. Plutot que de cibler un variant precis, l’IA (du machine learning, c’est-a-dire un programme qui apprend des patterns dans des donnees massives) a ingere toutes les sequences genetiques disponibles des Sarbecovirus, le sous-groupe de coronavirus le plus dangereux pour l’humain. Elle a identifie les caracteristiques partagees par tous les membres de cette famille, y compris les virus de chauve-souris jamais vus chez l’homme, puis elle a assemble un « super-antigene » : un compose synthetique qui concentre ces caracteristiques communes. L’antigene, c’est la partie du vaccin que votre systeme immunitaire apprend a reconnaitre pour reagir vite si le vrai virus se presente.

Resultat : quand on injecte ce super-antigene a un patient, son systeme immunitaire ne s’entraine pas seulement contre le dernier variant en circulation. Il s’entraine contre un profil composite qui couvre toute la famille, variants futures potentiellement inclus. C’est le principe de la carte de visite globale plutot que de la photo d’identite d’un suspect precis.

Ce que cet essai prouve, et ce qu’il ne prouve pas encore

L’essai s’est deroule dans deux centres de recherche clinique du NIHR (l’agence britannique de recherche en sante, l’equivalent de notre Inserm cote essais cliniques) : un a Southampton, un a Cambridge. Les 39 volontaires, ages de 18 a 50 ans, ont recu le vaccin sous forme d’ADN administre par micro-jet de fluide. Pas d’aiguille : un dispositif projette la solution a travers la peau sans piqure, ce qui pourrait faciliter les campagnes de masse dans des contextes ou les injections classiques sont compliquees a deployer.

Il faut ici etre precis sur ce que la phase I mesure et ce qu’elle ne mesure pas. Une phase I teste la securite, pas l’efficacite. L’objectif est de verifier que le produit ne provoque pas d’effets indesirables graves. Sur ce point, c’est un succes net : aucun effet secondaire significatif n’a ete rapporte, et des reponses immunitaires ont bien ete observees contre plusieurs coronavirus du groupe Sarbeco, y compris des virus de chauves-souris. Mais personne ne peut encore affirmer que ce vaccin protegera vraiment contre la prochaine pandemie : ca, c’est ce qu’une phase II, prevue sur environ 200 participants selon News Medical, doit commencer a etablir.

Ce qui reste frappant, c’est l’ambition du projet : concevoir un vaccin avant que le virus existe. « Si nous pouvons developper et faire progresser cliniquement cette nouvelle classe de vaccins avant qu’une epideomie commence, des millions de vies pourraient etre sauvees », dit le professeur Saul Faust, investigateur principal de l’essai a Southampton. La meme plateforme pourrait etre appliquee aux virus Ebola ou a la grippe. Ce que vous avez paye en rappels Covid depuis 2021 pourrait, un jour, etre remplace par un vaccin concu une fois pour toutes contre une famille entiere de virus. Ce jour n’est pas arrive, mais il vient d’apparaitre a l’horizon.

En bref

C’est quoi, le groupe Sarbeco ?
Le sous-groupe de coronavirus qui inclut le SARS-CoV-2 (Covid-19), le SARS de 2003 et de nombreux coronavirus de chauves-souris. Tous partagent des caracteristiques genetiques communes que ce vaccin cherche a cibler.

Pourquoi l’IA et pas un biologiste ?
L’IA peut analyser en quelques heures des millions de sequences genetiques issues de surveillance mondiale et en extraire un profil commun. Un travail impossible manuellement a cette echelle et cette vitesse.

Le vaccin est administre comment ?
Par micro-jet de fluide, sans aiguille. Le principe : une pression projette la solution a travers la peau. Plus simple a deployer en masse que les injections classiques.

Cet essai prouve-t-il que le vaccin protege ?
Non. Une phase I teste uniquement la securite et la tolerance. Elle confirme aussi que des reponses immunitaires ont eu lieu, mais l’efficacite reelle contre une infection sera evaluee dans les prochaines phases.

Quand ce vaccin pourrait-il etre disponible ?
Pas avant plusieurs annees. Une phase II plus large est prevue. Il faut ensuite une phase III a grande echelle, puis des autorisations reglementaires. L’horizon realiste est la fin de cette decennie, au plus tot.

Article créé en collaboration avec l’IA.