Champignon pan-résistant au Kenya : quel risque réel pour les patients en France ?

4 classes d’antifongiques sur 4 : aucune ne vient à bout de la souche de Candidozyma auris isolée chez une patiente de 28 ans à Nairobi, au Kenya. Elle avait contracté une infection du site opératoire à l’hôpital, après une chirurgie programmée. L’étude, publiée le 29 septembre 2026 dans Scientific Reports, décrit la première souche pan-résistante repérée en Afrique.

Ses auteurs (Walter Reed Army Institute of Research-Africa et institut kényan de recherche médicale, à Kericho) la présentent comme le deuxième cas documenté au monde. Le premier concernait un patient de New York, en 2022. Pour le grand public, le risque reste très faible. Pour les patients hospitalisés et fragiles, l’alerte est sérieuse.

Quatre familles de médicaments en échec

Les tests de sensibilité, détaillés par ScienceAlert, couvrent les azoles (fluconazole), les échinocandines (caspofungine, micafungine), les polyènes (amphotéricine B) et la flucytosine. Pour bloquer la souche en laboratoire, il faut au moins 64 mg/L de fluconazole ou de flucytosine. Pour la micafungine, la barre dépasse 8 mg/L.

Le séquençage retrouve des mutations connues : ERG11 et CDR1 pour les azoles, FKS1 pour les échinocandines, FUR1 pour la flucytosine. Elles diffèrent de celles de la souche new-yorkaise de 2022. Les chercheurs y voient une résistance apparue indépendamment, sur un autre continent. Pour eux, la découverte signale une menace qui s’aggrave et réclame des capacités de diagnostic rapide.

Les États-Unis avaient déjà affronté des souches résistantes aux trois grandes classes. En 2021, un rapport du CDC en décrivait cinq, à Washington (district de Columbia) et au Texas, surtout dans des établissements de soins prolongés. La définition retenue alors ne comptait pas la flucytosine. Face à ces souches, l’agence américaine évoque la combinaison de plusieurs antifongiques ou le recours à des antifongiques encore expérimentaux. Résistant à tout en éprouvette ne veut donc pas dire sans option au lit du malade. La même course se joue contre les bactéries, où un peptide ancestral ressuscité a fait mieux que le nôtre face au staphylocoque.

Qui est réellement exposé

Les malades déjà lourdement atteints. Selon la fiche du CDC, C. auris touche surtout des patients aux pathologies graves, soignés avec des dispositifs médicaux invasifs. Les personnes sans ces facteurs de risque ne le portent généralement pas et n’en tombent pas malades, soignants et visiteurs compris.

Le danger tient à sa ténacité à l’hôpital. Les patients infectés, mais aussi ceux simplement colonisés, le déposent sur les barrières de lit, les poignées de porte ou les brassards de tensiomètre. Depuis 2009, il s’est installé dans plus de 60 pays sur six continents. La mortalité hospitalière rapportée atteint 30 à 50 % dans certaines situations, chez des malades déjà fragiles. L’OMS l’a classé pathogène fongique prioritaire critique en 2022.

Et chez nous ?

En France, un compteur qui a triplé

En France, 73 épisodes de colonisation ou d’infection à Candidozyma auris ont été recensés depuis 2007 (CNR des mycoses invasives, 18 août 2026), contre 24 cas en septembre 2023.

Le premier chiffre vient du Centre national de référence de l’Institut Pasteur, qui décrit surtout des cas importés de nombreux pays. Le second avait été donné par sa responsable, Fanny Lanternier, à l’agence APM (dépêche reprise par la SFMU). Les seize années précédentes en avaient compté 24.

Soit 49 épisodes en moins de trois ans.

Le réseau de prévention Répia compte de son côté 31 cas signalés depuis le 1er janvier 2023, avec un cluster en cours (mise à jour du 1er octobre 2026). Les établissements déclarent ces cas sur e-SIN, la plateforme de signalement de Santé publique France. Les souches françaises appartiennent surtout au clade I, la lignée de celle de Nairobi, et parfois au clade III.

Le bon réflexe en cas d’hospitalisation

Depuis l’été 2023, une recommandation prévoit de dépister à leur arrivée tous les patients hospitalisés à l’étranger, sans liste restrictive de pays. La consigne vient du CNR, de la Société française d’hygiène hospitalière et de la Société française de mycologie médicale. Un porteur repéré est isolé aussitôt, et les patients contacts sont dépistés à leur tour.

Si vous ou un proche avez été hospitalisé hors de France, dites-le dès l’admission. C’est cette information qui permet à l’équipe de lancer le dépistage prévu.

Article créé en collaboration avec l’IA.