Les phages se pêchent dans les eaux usées, et la France en autorise déjà deux

Les phages se pêchent dans les eaux usées brutes. Le laboratoire de Breck Duerkop en a tiré une collection de virus classés et prêts au criblage, à l’université du Colorado (campus Anschutz, 24 septembre 2026). Quinze ans de collecte, pour soigner des infections que les antibiotiques ne réduisent plus. En France, deux bactériophages seulement, PP1493 et PP1815, bénéficient d’un accès compassionnel contre les infections ostéo-articulaires graves à Staphylococcus aureus (ANSM, 8 janvier 2026).

La collection compte plus de trente virus qui infectent les entérocoques, et quinze à vingt qui s’attaquent à Enterobacter et Klebsiella. Quatre bactéries y sont visées en priorité : Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterobacter hormaechei et Klebsiella oxytoca. « L’idée de constituer une bibliothèque, c’est que vous voulez de la diversité », explique Breck Duerkop, professeur associé au département d’immunologie et de microbiologie. « Tous les phages n’infectent pas tous les types de bactéries. Ils sont très spécifiques. »

Ce que la pêche en eaux usées ramène

Les eaux usées non traitées grouillent des bactéries qui composent le microbiote intestinal. L’équipe y expose les souches qu’elle veut cibler, puis fait pousser le mélange sur des boîtes de gélose. Là où un phage a travaillé, le tapis bactérien se troue : des ronds clairs, appelés plaques, dans un gazon opaque. Chaque plaque claire vaut un phage à isoler. Le prélèvement passe à la centrifugeuse, puis au réfrigérateur, conservé dans un tampon.

« Les phages ont été utilisés pendant des décennies comme outils pour comprendre la biologie moléculaire, mais l’intérêt pour eux repart à la hausse, à cause de l’incidence croissante des infections bactériennes résistantes aux antibiotiques », dit Breck Duerkop. « Nous pouvons isoler des virus contre des infections difficiles à traiter, et certains de ces virus tuent la bactérie très facilement. » D’autres équipes les dessinent au lieu de les pêcher : seize virus viables sont sortis d’un modèle d’intelligence artificielle, avec un criblage ADN facultatif.

Un criblage pour une seule patiente

Une femme de 57 ans traînait une infection à E. faecium passée dans son sang, que les antibiotiques standards ne délogeaient pas. L’équipe de Breck Duerkop a fourni les phages. L’infection sanguine a été éliminée en vingt-quatre heures. Elle est revenue plus tard, mais le traitement est resté efficace plusieurs mois : assez pour que la patiente reparte en voyage avec sa famille.

Les phages se combinent aux antibiotiques, par voie orale ou directement dans le sang par perfusion. Les bactéries peuvent aussi devenir résistantes aux phages eux-mêmes, et la collection reste une option pour les cas où les antibiotiques seuls ne fonctionnent pas. « Nous ne faisons que commencer à gratter la surface de la diversité des phages ayant un potentiel thérapeutique », ajoute le microbiologiste.

Et chez nous ?

Deux produits au catalogue, un phagogramme obligatoire

L’accès compassionnel français vise les adultes et les adolescents, quand le pronostic vital ou fonctionnel est engagé et qu’il n’y a plus d’option thérapeutique. Les deux solutions injectables s’administrent en application locale ou en injection in situ. L’usage est réservé à l’hôpital. La validation par un centre de référence des infections ostéo-articulaires complexes, un CRIOAc, est obligatoire. Un phagogramme doit vérifier que le virus attaque bien la souche du patient. Un essai clinique, PhagoDAIR I, est autorisé en parallèle.

À l’hôpital de la Croix-Rousse, le programme PHAGEinLYON traite des patients dans ce cadre compassionnel depuis 2017, sous la conduite des professeurs Frédéric Laurent et Tristan Ferry. Vingt-six malades avaient été pris en charge quand le projet PHAG-ONE a été lancé, le 8 septembre 2023, avec 2,85 millions d’euros de l’Agence nationale de la recherche. Il doit installer à Lyon l’isolement, la production, la purification et le contrôle qualité de phages thérapeutiques.

Trois espèces sont au programme de production lyonnais : Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis et Escherichia coli. Les partenaires sont l’université Claude-Bernard Lyon 1, le CEA de Grenoble et des équipes de l’Inserm et du CNRS. Espèce par espèce, voici ce qui existe aujourd’hui sur l’étagère.

Sur les trois espèces que Lyon veut produire, une seule a aujourd’hui son phage autorisé.

Article créé en collaboration avec l’IA.